L'inconfort thermique est provoqué par des gradients de température, c'est à dire des différences de température entre les parois et l'air, ou entre le sol et le plafond, supérieurs à 3 degrés Celsius. Les BEPOS offrent un confort optimal d'un point de vue thermique grâce au recours systématique à une isolation thermique renforcée, à la lutte contre les ponts thermiques et à l'utilisation de puits canadiens et/ou de ventilation mécanique contrôlée double flux qui réchauffe l'air entrant. L'air et les parois ont donc une température homogène ce qui tend à faire disparaître ces problèmes d'inconfort.
Il est à noter que la fourchette hygrométrique de confort est située entre 30 et 70% d'humidité dans l'air. Au deçà, l'air sec cause des maladies respiratoires aux occupants, et au-delà, l'air humide favorise l'apparition de pathologies dans le bâtiment tel que l'apparition de moisissure, ou une perte d'efficacité de l'isolation.
Avec les BEPOS, on rencontre le plus souvent un problème de sécheresse pendant l'hiver. Les enveloppes des bâtiments sont en général pratiquement étanches à l'air, et le renouvellement d'air via les ventilations mécaniques contrôlées évitent les problématiques liées à une humidité trop importante. En revanche, l'hiver, l'air entrant, même s'il est humide, s’assèche lorsqu'il est réchauffé (l'air se dilate mais la quantité d'eau reste la même) parfois à des niveaux problématiques, d'où la sensation de gorge sèche.
Les maisons en bois offrent un certain confort hygrothermique grâce aux propriétés de régulation naturelle de ce matériau.
Dans le tertiaire, on constate parfois une surconsommation par rapport aux prévisions sur le poste du chauffage causée par une demande de température à 23 degrés qui, pour certains, convient mieux à un travail sédentaire. On se retrouve alors à 4 degrés de plus que ce qui est estimé par les thermiciens qui basent parfois leurs calculs sur une température de 19 degrés.
Une augmentation de 3 degrés entraîne une augmentation de 20% de la consommation.